Met de inwerkingtreding van de Comptabiliteitswet 2016 per 1 januari 2018 is de Kiesraad onderdeel geworden van de ‘overige Colleges van Staat’. De Kiesraad heeft nu, als onderdeel van de rijksbegroting van het begrotingshoofdstuk IIB Overige Hoge Colleges van Staat, Kabinetten van de Gouverneurs en de Kiesraad, een eigen begroting en is primair verantwoordelijk voor de besteding van zijn eigen budget. In de afgelopen jaren is de onafhankelijkheid van de Kiesraad ten opzichte van het ministerie van Binnenlandse Zaken en Koninkrijksrelaties verder versterkt in afspraken over het beheer van de begroting.
Daarnaast is in het bestuursreglement van de Kiesraad opgenomen dat de Kiesraad met inachtneming van de wettelijke bepalingen een procedure vaststelt voor de werving en selectie van leden, waarbij de onafhankelijkheid van de Kiesraad is gewaarborgd.
Deze onafhankelijkheid is essentieel voor de Kiesraad in de uitoefening van zijn wettelijke taken, in het bijzonder als centraal stembureau voor de verkiezingen van de Tweede Kamer, Eerste Kamer en het Europees Parlement.